متابولیت‌های ثانویه گیاهی ترکیباتی هستند که توسط سلول‌های گیاه تولید می‌شوند اما غالباً به مصرف خود گیاه نمی‌رسند. این متابولیت‌ها کاربردهای مختلفی در صنایع گوناگون و به‌ویژه پزشکی دارند. اسانس‌ها و مواد معطر، مواد مؤثره دارویی، فرمون ها، حشره‌کش‌ها ،علفکش‌ها، قارچکش‌ها، هورمون‌های گیاهی و مواد آللوپاتیک (ایجاد کننده انواع مقاومت‌ها و یا بازدارنده رشد و نمو) از این جمله هستند. در این میان ترکیبات دارویی و اسانس‌ها دارای اهمیت ویژه‌ای هستند.